Va tenir una participació molt activa en la formació del teatre independent (TI) que, en els anys seixanta del segle XX, intenta una transformació i renovació dels paràmetres de funcionament del teatre català d'aleshores, que vivia l'esllanguiment d'un teatre comercial sense interès. A la temporada 1966-1967 contribuí a la creació d'un grup que assolí un ampli relleu de crítica i públic: el GTI (Grup de Teatre Independent del CICF), un dels grups que participa en la coneguda operació de l'Off Barcelona, així com de la companyia dedicada exclusivament al teatre infantil, el Grup de l'Òliba, que troba la seva plataforma de representació en els Cicles de Teatre Infantil Cavalll Fort. Dins d'aquest cicle Nel·lo adaptà per a un públic jove i dirigí importants obres del teatre clàssic, com La comèdia de l'olla de Plaute (1967), El metge a garrotades de Molière (1967), La farsa del mestre Pathelin (1969) o un Guillem Tell de Schiller (1971). Els cicles de teatre Infantils Cavall Fort, vinculats a l'esperit de la revista i dirigits per Martí Olaya, eren pensats com una escola de formació d'un nou públic espectador, i la companyia de l'Oliba, dirigida per Nel·lo i que era una secció del GTI, fou una de les que féu un treball més acurat. Prèviament Nel·lo s'incorporà en la dinamització del teatre independent i formà part, amb Feliu Formosa, de grups com el Gil Vicente, que dugué a terme part d'una inèdita acció de difusió teatral en àmbits publics de forta implantació popular i obrera. Funda el GTI i intervingué com a director en l'estrena d'Els diàlegs d'en Ruzzante de Beolco. El GTI fou un dels principals grups que portà endavant l'operació coneguda com l'Off Barcelona, que davant de la dificultat de trobar espais i teatres per la representació dins de la ciutat buscà l'extraradi, el teatre de l'Aliança del Poble Nou, amb el que volia ser un teatre estable que fidelitzés un public espectador que cerca un teatre de qualitat i compromès. A l'Aliança Nel·lo dirigí dues obres de gran ressò: Les noces de Figaró (1967) de Beaumarchais i Els baixos fons (1968) de Gorki, totes dues amb escenografia de Fabià Puigserver, amb qui col·laborà estretament. També, amb direcció de Mario Gas, el GTI estrenà Tot en patates de Wesker (1969) i, més tard, amb direcció de Feliu Formosa, una primera versió d'El retaule del flautista, de Jordi Teixidor, que posteriorment s'estrenà al Capsa, en el que era el pas a un teatre, ja dins la ciutat, de règim més comercial; d'aquesta manera, El retaule del flautista va esdevenir l'obra més vista de tota la història del teatre independent català.

La renovació institucional i pedagògica que, a inicis dels anys setanta, el nou director de l'Institut del Teatre, Herman Bonnín, impulsa dins l'entitat permet que noms importants del teatre independent s'incorporin a la seva activitat acadèmica. Francesc Nel·lo entra l'any 1971 i fins a la seva jubilació és professor de direcció i dramatúrgia i realitza una important tasca pedagògica en la direcció de tallers, que, en ser activitat acadèmica, no tenen transcendència pública. Nel·lo col·laborà també en els primers moments de la posada en marxa d'una televisió en català encara al vell edifici de Miramar on, entre d'altres, féu una adaptació de la novel·la de Narcís Oller, Pilar Prim, i una direcció i dramatúrgia d'El casament dels petits burguesos de Brecht. Eran els anys de la Transició, en què la cultura catalana anava guanyant nous espais de representació i s'anava introduint en estructures culturals fins aleshores vetades. Així, amb la creació del Centre Dramàtic de la Generalitat de Catalunya, amb seu al teatre Romea, Nel·lo assessorà, col·laborà i dirigí obres com Peer Gynt (1982) i Espectres (1988) d'Ibsen o Fanny (Civilitzats tanmateix) de Carles Soldevila. La majoria de les obres que ha adaptat o traduït han estat editades en llibre.

Institut del Teatre, Francesc Nel·lo (Redactors: Àlex Broch i Ramon Aran Vilà) (2017)